De Bouw
Op 14 maart 1735 besloot de Haarlemse vroedschap een nieuw orgel in de Grote Kerk te laten bouwen “het geen enigsints soude mogen responderen aan de grootte en schoonheyt van deselve kerk”.
Het oude hoofdorgel van deze grote kathedraal, dat al bijna 300 jaar aan de noordelijke koorwand hing, was onbruikbaar geworden. Als plaats voor het nieuwe orgel koos men de westmuur, waardoor het grote gebrandschilderde raam dat deze muur sierde, moest verdwijnen. Aan de uitvoering van dit besluit werd terstond begonnen, dezelfde dag werd er onderhandeld met de orgelbouwer Christian Müller en de beeldhouwer Jan van Logteren, beiden te Amsterdam. Op 30 april gaven burgemeesters hun fiat aan de door Müller en Van Logteren voorgestelde contracten. In september 1738 werd het orgel goedgekeurd door de organisten Havingha (van de Grote Kerk te Alkmaar) en Henricus Radeker, stadsorganist, die het orgel officieel inspeelde tijdens een plechtige kerkdienst op 14 september 1738. De reputatie van het orgel verbreidde zich snel; het werd een grote bezienswaardigheid en de bespelingen ervan waren een attractie. Buitenlandse reizigers bezochten Haarlem om het te leren kennen. Tot hen behoorden ook Händel en Mozart.

Restauraties
Het orgel bleef gedurende meer dan 125 jaar nagenoeg ongewijzigd tot het jaar 1866. De muzikale smaak was toen inmiddels veranderd; verschillende soorten van muziekinstrumenten waren uit de mode geraakt, er waren nieuwe voor in de plaats gekomen en andere instrumenten, waaronder ook de orgels, werden zo mogelijk gewijzigd.
Het Bavo-orgel was aan een grondige revisie toe. De balgen en windladen waren lek geraakt, het mechaniek was op vele plaatsen uitgesleten en vele pijpen waren beschadigd. Dit maakte het mogelijk om het instrument niet alleen in technisch en mechanisch opzicht te herstellen maar ook om het tegelijkertijd in muzikaal opzicht aan te passen aan de eisen van die tijd. Vooral de toenmalige voorliefde voor krachtige bassen, milde boventonen en een stabiele klank speelden daarbij een grote rol.
De orgelmaker C.F.G. Witte uit Utrecht omschreef de klank van het orgel aldus: “De intonatie van de labiaalpijpen (het gebruikelijke type orgelpijp dat U in het front ziet) is in het algemeen zwak te noemen, vooral de basoctaven. Daarentegen is de intonatie van de tongwerken (een geheel ander type orgelpijp dat d.m.v. een metalentong tot klinken wordt gebracht) sterk en scherp, zodat de eerste door de laatste worden overschaduwd. Verder spreekt het pedaal te zwak aan”. De beoogde klankverbeteringen werden verkregen door o.a. de windvoorziening te wijzigen, de winddruk te verhogen en de intonatie van de labialen en de tongwerken daarbij aan te passen. Bovendien werden door Witte enkele wijzigingen in de dispositie aangebracht. In 1904 vond opnieuw een restauratie plaats nu door de fa. Maarschalkerweerd uit Utrecht.
Weer werd in de eerste plaats de windvoorziening gewijzigd: de 12 nog aanwezige originele schepbalgen van Müller werden vervangen door 3 grote magazijnbalgen met voetpompbediening.Tenslotte volgde de restauratie van 1959-1961, door de fa. Marcussen & Son uit Denemarken. Deze was vooral noodzakelijk omdat de lekke windladen in aanzienlijke mate windverlies en drukverlaging veroorzaakten waardoor de klank flauw werd en de toon van het pedaal bij vol spel zelfs wegviel.
Belangrijke veranderingen door Marcussen:
- het originele klankbeeld en de dispositie van Müller werden hersteld, met toevoeging van twee nieuwe mixturen
- de windladen werden grondig gereviseerd en de windvoorziening werd nieuw gemaakt, met een lagere winddruk dan voorheen
- het regeerwerk werd nieuw vervaardigd, voorzien van nieuwe balansklavieren
- de klaviatuur werd gereconstrueerd
- de orgelkas werd opnieuw geschilderd en verguld.

Op 3 juli 1961 werd het orgel feestelijk in gebruik genomen in een concert dat door de twee stadsorganisten Albert de Klerk en Piet Kee werd gegeven.